Antibioottiprofylaksi tarkoittaa, että antibiootteja määrätään infektion syntymisen ehkäisemiseksi. Potilaalla, joka saa antibioottiprofylaksin, ei siis määritelmällisesti ole jo olemassa olevaa infektiota. Hammaslääketieteessä on lähtökohtaisesti kaksi tilannetta, joissa voi olla perusteltua antaa antibioottiprofylaksi: