Juurikanavia ei saada täysin puhtaiksi pelkällä mekaanisella preparoinnilla, joten lisäksi tarvitaan mikrobeja tappavaa huuhteluainetta. Natriumhypokloriitti (NaOCl) on käytetyin juurikanavien huuhteluaine, jota suositellaan sen tehokkaan ja laajakirjoisen antimikrobivaikutuksen vuoksi. NaOCl liuottaa tehokkaasti orgaanista kudosta ja toimii samalla voiteluaineena instrumentoinnin aikana.