Materiaalin valinta eri endodonttisten toimenpiteiden yhteydessä, kuten syviä kaviteetteja korjattaessa, apeksifikaatiota tehtäessä tai juurikanavan tiivistämisessä, on tehtävä huolellisesti. Valittu materiaali sekä sen vaikutus biologiseen aktiivisuuteen ja hampaan kovakudoksiin voivat johtaa ei-toivottuihin lopputuloksiin.