Ihmiskehon pintoja peittävät miljardit mikro-organismit, kuten bakteerit, virukset, hiivasienet, arkeonit ja alkueläimet. Niistä käytetään yhteisnimitystä ”ihmisen mikrobiomi”. Elimistön mikrobiomi on muovautunut isännän ja mikro-organismien vuosimiljoonia kestäneen yhteiselon aikana. Mikrobiomin koostumus vaihtelee huomattavasti elimistön eri osissa kullekin osalle tyypillisten ekologisten ominaisuuksien mukaan.